生態(tài)透水壩通過(guò)控制水的滲流速度，在上游進(jìn)行蓄水，使之水位上升到一定的程度，上游水由于水力停留時(shí)間增長(zhǎng)，水中污染物在物理沉降、自然降解、水生生物吸收的作用下 ，得以降低 ，由此凈化了水質(zhì)。 除此之外 ，生態(tài)透水壩本身就可以凈化水質(zhì) ，其本身凈化水質(zhì)的原理在于物理過(guò)濾、植物吸收和微生物降解。物理過(guò)濾在于堆積壩體的濾料之中形成許多空隙，污水在經(jīng)過(guò)生態(tài)透水壩肘，水中的污染物被吸附和攔截下來(lái)。生態(tài)透水壩上種植的水生植物產(chǎn)生的大量根系深入壩體 ，吸收水中的營(yíng)養(yǎng)鹽和重金屬。許多微生物和原生動(dòng)物生長(zhǎng)于濾料中 ，它們利用污水中的營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)生存和繁殖 ，進(jìn)而凈化了水質(zhì)。